订，几经变革后，设卫生课隶属总督府警务局，为中央卫生行政机关，掌管岛内一般卫生行政。其主管业务包括：传染病及地方病、卫生保健、海港检疫、上水(饮用水)及下水(水沟)和市区及港湾之卫生计划、医制及药制、官公立医院、取缔鸦片及其代用品，有关济生会及其他施药事项。地方行政机关有台北、新竹、台中、台南及高维五州及台东、花莲港、澎湖三厅，各州警务部置卫生课、各厅警务课置卫生系，以分掌各地方之卫生行政事务。
再者在医学教育方面，为了完全杜绝中医的展，也对西医的教育非常之重视。日本据台后，总督府于1895年6月2o日在台北大稻埕千秋街创立了台湾病院(后改称台北病院，再改称台北医院)。两年后，即1897年4月，台北医皖院长山口秀高在院内设立医学讲习所，集台湾子弟约3o名施以近代医学教育，入学者多为日语传习所毕业生、医生(中医师)，及药店弟子，初期由台北医院派医师四名，药局人员两名担任教学，教授一般课程(物理、化学、数学、地理、历史、动植物学等)及医学，此为日本据台后医学教育之开始。
此试办之医学讲习所颇具成效，乃于1899年制定总督内医学校官制，4月正式成立台湾总督府医学校。19o2年5月11日第一届本科学生3名毕业。第二届仅有毕业生1名。第三届1o名。第四届9名。第五届增加到23名。其后，年有所增，医学教育逐渐步上轨道。早期的医学校没有属于自己的医院，而基于日本殖民主义者对台湾人的歧视，以日本病人为主体的台北医院不开放给台湾学生做临床学习，只能由日本教师率领台湾学生远路到台北仁济院或行旅病人收容所做临床实习。
日本统治台湾时期所设之最高学府为台北帝国大学。该校开设之初，只设文政、理农两学部，至1936年始设立医学部，以台湾总督府台北医学专门学校校舍改充医学部之用。1936年1月7日，制定台北帝国大学医学部规程，3月23日任命三田定则为该学部第一代部长。台北帝国大学医学部的教授多由日本本土各大学教授、副教授中选拔，一部分由台北医学专门学校或台北医院主任级医师转任。杜聪明为台北帝国大学医学部中唯一的台湾人教授，1937年三田定则升任台北帝国大学总长，由东京帝国大学名誊教授永井潜接任医学部长。台北医院移管，成为台北帝国大学附属医院，小田俊郎任初代院长。
日本的做法取得他们想要的效果，虽说对于医疗方面的现代化有所帮助，在传染病方面也有所作为，对于一些传染病的防治工作的也有了一定的作为，但是在这期间中医的展完全陷入了低潮，甚至说停顿，因为随着时间的推移，中医已日渐减少，西医之培养由于受到当局的支持，毕业者渐多。到了1931年，日本昭和六年末，殖民当局对我台湾省各地之医药情况进行了比较系统的调查统计，有医药人员共3161人，其中本岛人之医生325人，经营中药者2519人，经营洋药者112人；内地人之经营中药者17人，经营洋药者179人；外国人之经营中药者9人，医生共计325人，仅占药物经营者2836人的11.5%，而且这些医生均集中在台北、新竹、台中、台南，而澎湖、花莲港与台东竟无医生。这完全是日本占领者在台推行其消灭中医政策的典型恶果，日本的中医文化灭绝政策基本上取得了成功！
日本在台湾的所作所为引起了台湾的有识之士和爱国人士的反感和抵制，使得岛内的反抗斗争一直不断，也为即将到来的中国收复台湾打下了一定基础！
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