运转方法也和普通功法大为不同。普通内功大多是蕴养出丹田真气后以之打通十二正经等经脉，慢慢蓄积真气，直到打通任督二脉、贯通小周天。而先天功却首先就要求贯通小周天，毕竟它修炼的是先天真气，需要先天精气补充，否则等到先天真气消耗后，可就难以补充了。说不得每次使用后，都需要数月甚至数年才能恢复。当年南帝虽然在王重阳帮助下修炼出先天真气，但因为未通任督，每次消耗过大都需要数年补充，而他得到九阴真经总纲中的快速打通奇经八脉之法后，真气三月便已尽复，原因便在于此。王重阳天赋异禀，体内先天之气极厚，又吸收了一缕天地间先天元气，这才能直接打通任督二脉，贯通小周天，其他人可就无此机缘了。
人体有先天三宝，名曰元精、元气、元神，先天功自然对其也极为重视。先天功修炼，首先便是以神引气，如此一来，真气也是由精气神凝聚而来，当真是至精至纯，相比其它真气，可谓是大占优势，对于蕴养元精、元气、元神，也是大有帮助。小周天修炼的是元精、元气，到达一定程度后，真气自会蓄积，以之打通十二正经，贯通大周天。大周天是练气化神的功夫，到了这一步，人体的元神会不断增长，最终达到元精、元气、元神三宝合一的境界。先天功最后讲的便是如何将三宝合一，聚为内丹，炼虚合道，超脱世间，可以说极为神妙。
方志兴了解到这功法的最终目的后，心中感叹连连：“此等功法，实在不能说是武学功夫，更像是修仙之法，也怪不得全真七子更多的是注重修仙练气，尹志平看到后也沉迷其中了，若非自己此时武功极高，说不得也要去修炼内丹之术了。”先天功直接贯通小周天的方法，分明是从道家内丹术气息游走小周天而来，方志兴熟读全真典籍，自然知道。虽然这功夫最后一步内丹之法更多的是王重阳的猜想，但如此境界，也不能以凡间武学而论，这才是道家真正的上乘功夫啊！紫霞神功与之一比，不过是奠基功夫加上了点真气蓄积之法而已。依照方志兴想来，只怕《九阴真经》比之也有所不及，怪不得王重阳几日便已将真经融会贯通，也没有传下真经。武功之道，对他来说当真是小道。
丘处机见功法已授，迫不及待地问道：“你知道了这先天功，现在还想出全真和人成亲吗？”他心中还没有放下将方志兴拉回来的念头。方志兴作为终南山上武功最高之人。丘处机可不想让其流离在外，就是让他支持方志兴成为三代弟子首座，他心中也是愿意。
方志兴见丘处机如此。知道他是真心让自己留下，不由拜了一拜。说道：“弟子决心已定，还请师伯见谅！”他了解先天功之后，自然明白了丘处机话里的意思。先天真气要求至精至纯，并不能沾染其它，否则可能就无法三宝合一，超脱世间了。不过他另有解决之道，自然并不在意。
“可惜！可惜！”丘处机又是连连叹息。心中又感叹当年自己没有注意，若是早知道方志兴如此人才。自己当年抢着收为弟子多好。若是方志兴一心静修，来日必然可贯通小周天，修出先天真气，那样全真教也又多了一位大宗师。
方志兴闻言微微一笑，说道：“丘师伯，其实这问题古墓派林师祖早就解决了，弟子也曾经得传。”
丘处机眉毛一扬，惊奇道：“林前辈已经解决了？怎么可能？
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