不可知的原因就代替了真实的原因，同时使得上帝的工作变为模仿和欺骗了。如果接受这一观点，我就得相信，贝类化石从未生活过，只是从石头里被创造出来，以模仿在海边生活的贝类，然而这只是顽固守旧而又无知的天地创成论者们才会相信的。
提要
我们对于变异法则，仍是无知的。可能在一百个例子中只有一个，我们可以用来解释发生变异的原因。我们利用比较法就可以看出，不论是同种变种之间的小差异，还是同属物种间的大差异，同样都受到法则支配。外界条件的改变通常会诱发彷徨变异，但偶尔也会发生直接且一定的效果，并随着时间的变化更为强烈和明显，然而我们没有证明这一点的充分证据。习性在产生体质的特性上，无论是使用在强化器官上，还是使用在减弱和缩小器官上，往往都有强烈的效果。同源的部分，经常按照同一方式产生变异，并具有合生的倾向。有时，柔软的和内在的部分会因坚硬和外面的部分的改变而变化。特别发达的部分，带有向邻近部分吸取养料的趋势；可节约的部分，如果即便节约掉也无大碍，就将被节约掉。早期构造的变化常常会影响后来发育起来的部分；很多相关变异的例子，虽然我们仍无法理解其性质，但仍会发生。
重复部分的数量和构造都会发生变异，也许因为它们还没有受到一些特殊机能的影响而专业化，因此它们的变异不受自然选择支配。同样由于上述原因，低等生物相比高等生物来说更易变异，因为后者的整个体制已较为专业化。无用的残留器官不受自然选择的控制，因此也易变异。物种性状较之于属的性状更易变异，物种性状是指一些物种由共同祖先分出以后所呈现的不同性状，而遗传已久的属的性状在同一时期并未发生变异。这些情况都是针对到今天还在变异的特殊部分或器官来说的，因为在近代它们发生了变异并因此有所区别；但在第二章里，我们看到同样的原理也对所有个体适用；这是因为如果在某个区域内，发现某个属的许多物种--也就是说那里曾经发生过大量变异和分化，或者说曾十分活跃地产生新的物种类型--那么，平均来说，在那个地域内和这些物种中会出现非常多的变种。次级性征是高度变异的，并且在同群的物种里彼此间产生很大差异。
通常利用同一部分的变异性，可以产生同种两性间的次级性征上的差异，和某些同属物种彼此的种间差异。相较于近缘物种同一部分或器官，假如任何部分或器官已经异常发达，那么从该属产生以来它们一定已经经历了极多的异常变异；由此也不难解释它到现在还会产生比其他部分更大的变异的原因；由于变异是一种长期的、持续不断的、较为缓慢的过程，因此自然选择没有充裕时间来克服变异的倾向，以及抑制重现较少变异状态的倾向。然而，如果一个物种生有异常发达的器官，随之产生许多变异了的后代（这是一个长期的且极为缓慢的过程），那不管这个器官是通过怎样的方式而异常发达的，自然选择都会给予其固定的性状。向一个遗传了几乎与共同祖先同样体质的物种施加相似的作用，必定会有呈现相似变异的趋势，或者说它们有时会复现他们古老祖先具有的若干性状。虽然并非由于返祖和相似变异而产生了重要的新变异，然而这类变异在增加自然界的美妙和协调的多样性的过程中，也发挥了极大的作用。
不管后代与亲代间的每个轻微差异是何原因造成的（每一差异都必定有它的起因），我们可以相信：任何构造上，与习性相关联且较为重要的变异，都是有利变异逐步经过缓慢的积累出来的。
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