国库空虚，朝廷只好增加税收，“其后接踵三大征，颇有加派”，致使人民负担沉重，百姓怨声载道，而这也为明朝的灭亡埋下了伏笔。
其二，援朝战争导致明廷内部矛盾加剧，党争激烈。先是以李如松为首的武将与以宋应昌为首的文臣，在战争中因政见不同而产生矛盾，在战后又因论功行赏产生摩擦，双方各自为自己的阵营谋划利益。
在此次支援朝鲜的明军中，分为北兵和南兵，北兵善骑射，但他们攻城却很受限，而南兵多炮手，攻城时发挥了巨大的作用。但在论功行赏时，却使北兵居上，从而引起了南兵的不满。史载“南北军不和，军中流言传布”。
此外，东征将领频繁更替，经略由宋应昌替换为邢玠，提督由李如松换为麻贵，兵部尚书由石星变更为李祯……如此一来，朝廷矛盾重重，加剧了政局的不稳定性。
万历二十一年，当战争进入和谈期时，明朝内部却围绕是战是和争论不休。不久后战事再起，沈惟敬、石星等人受到弹劾；
二十五年，赞画主事丁应泰弹劾杨镐“贪滑丧师，酿乱权奸，结党欺君”等一系列罪名，随后，麻贵又弹劾杨镐与其副将李如梅私通倭寇，“媚倭将清正，与之讲和”。自后，杨镐被罢官。
这一系列的弹劾，反映了明朝内部林林总总的矛盾：党派之争、主战派与主和派之间的斗争、文臣和武将的斗争、南兵与北兵的斗争等等，更加加剧了朝局的不稳定性，也进一步削弱了明朝的实力，为后来努尔哈赤的壮大提供了可乘之机。
最后一点，也是最重要的一点，就是援朝战争导致明朝辽东地区军事力量的削弱，这是导致努尔哈赤崛起的一个重要因素。
辽东地区因为地理上最接近朝鲜，成为了最先派出兵力开往朝鲜救援的军队。但是，自开战以来至万历二十八年，辽东地区的九万五千士兵，能参战的仅有四万左右——这就是所谓李成梁嫡系原历史中曹簠没被人救出来，曹家军实际消散。
此外，除了辽东地区外，明朝还从全国各地陆续调兵前往朝鲜，先后投入约10万左右的兵力。但朝鲜战场犹如一个烂泥潭，致使明军损失极为惨重，在整个战争期间，明军共伤亡三到六万，战马损失亦极大。
这场战争使得明朝军事力量受到削弱，尤其是辽东地区，过多地抽调兵力造成本地防守空虚，从而为建州女真的崛起提供了可乘之机。
壬辰之战时期及之后，努尔哈赤一边与明朝虚与委蛇，一边加紧了统一女真的步伐，逐渐收服了海西女真四部，而后蒙古与野人女真皆被努尔哈赤、皇太极父子逐渐征服。
但受到影响的只有大明吗？不然。万历二十六年，也即1598年年末，丰臣秀吉的军队回到日本，七年征战几乎一无所获。
他们确实掠走了很多朝鲜奴隶，后来这些人或是被迫在农田劳作，或是在奴隶市场被贩卖；他们确实抓走了有着先进技术的朝鲜陶工，日本的陶瓷工业因此而繁荣；他们确实带走了大量铜活字，为日后日本印刷业短时间内的蓬勃发展奠定了基础。
另外，有数千册珍贵图书被掠夺回日本，很多被收入德川家康修建的图书馆，日本人因此掌握了书中的知识。朝鲜的绘画、卷轴和宗教用品同样损失惨重，甚至连石塔和珍木也没有幸免。
正是因为这些掠夺来的物品，后来的日本人才会将丰臣秀吉的大陆侵略战争称为“陶瓷之战”或“活字之战”。
然而，
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